Die Finanzierung des Haushalts der Biologischen Station Düren erfolgt zu ca. 50% im Rahmen der Förderrichtlinie Biologische Stationen NRW (FÖBS), welche zu jeweils 80% durch das Land Nordrhein-Westfalen und 20% durch den Kreis Düren getragen werden.
Die andere Hälfte der Stationsfinanzierung wird mit Hilfe von Projektmitteln jährlich wechselnden Umfangs im Rahmen von EU-Förderprojekten (Interreg, Leader, Erlebnis.nrw oder LIFE+), regionalen Projekten (Bundesamt für Naturschutz (BfN), Landschaftsverband Rheinland (LVR), Stiftungsmitteln (Deutsche Bundesstiftung Umwelt (DBU), Stöckmann-Stiftung, Postcode-Lotterie, Sparkassen-Stiftung, HIT-Umweltstiftung, Schmittmann-Stiftung) oder dem Verein zur Förderung des Naturschutzes im Kreis Düren finanziert.
Diese Förderungen haben in den letzten Jahren zunehmend an Bedeutung gewonnen, denn sie ermöglichen der Station die Umsetzung einer Vielzahl von Artenschutz- und Großprojekten.